Структурними підрозділами університету є ВСП «Виноградівський фаховий коледж МДУ» та «Мукачівський гуманітарно-педагогічний фаховий коледж МДУ», які здійснюють підготовку фахівців за спеціальностями/освітніми програмами: молодшого спеціаліста/фахового молодшого бакалавра – 10; молодшого бакалавра –
1.Виконання поставлених завдань в університеті забезпечують 153 особи професорсько-викладацького складу, серед яких 24 доктори наук, 15 професорів, 105 кандидати наук (доктори філософії), 85 доценти. Серед 47 молодих вчених – 3 доктори наук, 8 кандидатів наук, 33 аспірантів.
Високому рівню організації освітнього процесу в усіх структурних підрозділах Університету сприяє цілісна інформаційно-технологічна інфраструктура, що постійно вдосконалюється. Вона включає в себе 4 навчальні корпуси, укомплектовану Наукову бібліотеку (постійно поновлюється та налічує понад 180 тис. документів наукової та методичної літератури), 2 гуртожитки, комп’ютерні класи з сучасними комп’ютерами та виходом до Інтернету, предметні лабораторії, 2 студентські їдальні, спортивний зал, спортивні площадки тощо.
Інтеграції науки до світового наукового простору сприяє: надання Мукачівському державному університету доступу до електронних міжнародних реферативних та наукових баз даних Scopus і Web of Science, ресурсів Укрпатенту; видання збірників наукових праць «Науковий вісник Мукачівського державного університету (Серія «Економіка» та серія «Педагогіка та психологія»), які включені до категорії Б Переліку наукових фахових видань України та подані до міжнародних наукометричних баз даних Scopus і Web of Science; випуск спільного українсько-польського видання «Міжнародний науковий журнал «Освіта і наука». Результати наукової роботи здобувачів вищої освіти висвітлюються у збірнику наукових праць «Наука майбутнього».
Формуванню наукового інтересу та розвитку науки в молодіжному середовищі сприяє Наукове товариство студентів, аспірантів, докторантів і молодих учених «Наука майбутнього» Мукачівського державного університету. Наукове товариство здійснює популяризацію наукової діяльності серед здобувачів вищої освіти університету, сприяє участі молодих науковців у науково-практичних конференціях і семінарах різних рівнів, у конкурсах студентських наукових робіт, активно залучає молодь до публікації статей у наукових виданнях. Студентська рада МДУ підтримала ініціативу щодо створення Ради молодих вчених при Закарпатській ОДА та делегувала своїх представників
З метою створення сприятливих умов для безперервного навчання педагогічних працівників в умовах ступеневої освіти, подальшого зміцнення кадрового потенціалу в університеті відкрито з 2014 року аспірантуру за галузями: 01 Освіта/Педагогіка (спеціальності: 011 Освітні, педагогічні науки, 015 Професійна освіта (за спеціалізаціями)); 05 «Суспільні та поведінкові науки» (спеціальність 051 «Економіка»); 07 «Управління та адміністрування» (спеціальність 076 «Підприємництво, торгівля та біржова діяльність»), які у 2021 р. пройшли успішно акредитацію Національним агентством із забезпечення якості вищої освіти. У 2022 р. відкрито аспірантуру з галузі 05 «Суспільні та поведінкові науки» зі спеціальності 053 «Психологія».
В аспірантурі навчається більше 60 аспірантів. У 2021 р. захищено аспірантами 19 дисертацій на здобуття наукового ступеня «Доктор філософії» в тому числі 16 аспірантів у разових спеціалізованих радах Мукачівського державного університету.
Діяльність університету в галузі міжнародних зв’язків здійснювалася за такими напрямками: співробітництво із закладами вищої освіти; участь викладачів, співробітників, аспірантів і студентів у наукових конференціях, мовних курсах, проведення наукових досліджень, стажування, читання лекцій, навчання тощо; співпраця структурних підрозділів університету та окремих викладачів, співробітників, аспірантів і студентів у конкурсах для отримання стипендій та грантів міжнародних організацій і фондів. На сьогодні університет має двосторонні договори про співпрацю з 25 ЗВО Європейського Союзу. Найбільш активною є співпраця з університетами Польщі, Словаччини, Литви, Угорщини.
Здобувачі вищої освіти мають можливість брати участь у програмах міжнародної академічної мобільності (місячна, тримісячна, шестимісячна), у програмах «Два дипломи», «Подвійний диплом», під час проходження практичної підготовки, а викладачі університету – у міжнародних програмах стажування, підвищення кваліфікації, читання лекцій, спільній участі у наукових дослідженнях, грантових проєктах, конференціях тощо.
Діяльність колективу університету спрямована на вдосконалення системи підготовки фахівців, упровадження в освітній процес передового вітчизняного й зарубіжного досвіду, дотримання норм і стандартів вищої освіти, інноваційних педагогічних технологій, виховання у студентської молоді світоглядної й духовної культури, національної самосвідомості, організацію та проведення на рівні світових вимог, у найтіснішій взаємодії зі стейкхолдерами, здобувачами вищої освіти, академічними установами та зарубіжними партнерами, наукових досліджень, зростання й зміцнення іміджу та авторитету університету.